1995年12月10日至13日在北京召开全国党的建设研究会第二次会员代表大会，会上选举产生了第二届理事会领导成员，时任中央党建领导小组副组长、中央组织部原部长吕枫同志当选为会长，经民政部注册登记为本会第二任法人代表。会上重新修订了本会的《章程》。全国党建研究会业务主管部门改为中央组织部，办事机构为全国党建研究会秘书处，设在中央组织部党建研究所，时任党建研究所所长蒋振云同志兼任秘书长。第二届理事会新设3个分支机构：“执政党建设专业委员会”、“党建理论教学和研究专业委员会”、“党的基层组织建设专业委员会”。第二届理事会任期是1995年12月至2000年9月，团体会员增加到113个，其中：中央国家机关团体会员23个，省、区、市及地方单位团体会员46个，大中型企业35个，高等学校7个，其他2个。顾问13人，理事94人（包括正副会长、正副秘书长）。第二届理事会除继续保留《全国党的建设研究会通讯》（季刊）外，秘书处还创办了《党建信息》（半月刊）。

    2000年9月27日至28日，在北京召开全国党的建设研究会第三次会员代表大会，会上重新修订通过了研究会的《章程》，选举产生了第三届理事会领导机构。时任中央党建领导小组副组长、中央组织部原部长张全景同志当选为会长，经民政部批准注册登记为第三任法人代表。时任党建研究所所长邵忠和同志任秘书长。第三届业务主管部门、办事机构没有变动。分支机构保留“执政党建设专业委员会”、“党建理论教学和研究专业委员会”、“党的基层组织建设专业委员会”，新组建“机关党建专业委员会”和“社区党建研究专业委员会”。第三届理事会有团体会员和单位会员139个，顾问18名，理事173名，其中常务理事30名。另设特邀研究员7名。2002年1月召开的第三届第二次理事会上增聘了5名顾问、增补1位副会长和2位副秘书长。《党的建设研究会通讯》改名为《党建研究通讯》。